STORY

オレンジ編を終え、
生命体マザービーストの一匹「TETRAD」と友達になった。
アウイやカエデとポケモンリーグで戦うためジムクリアの旅を続けていた。
義理の妹ユーレカの昏睡の謎を解くため
解き放たれた生命体マザービーストの一匹（「HEXAD」）を探すことに。
「スペシャライズ」として奮闘していたが、
最中異次元の扉が開かれラピスたちと出会う。
後に「HEXAD」と遭遇するもミュウツーと融合し
新たな姿「マザーミュウツー」となったことで
彼らと対峙する。

マザービーストの一匹「HEXAD」とミュウツーの戦いによって
開かれた異次元の扉から巻き込まれてやってきた少女。
オレンジの住む世界とはほんの少しだけ違う
未来のホウエン地方からやってきたという、コーディネーター。
バトルにも積極的で、コンテストで磨いたユニークな発想力で戦う。

マザービーストの一匹「HEXAD」とミュウツーの戦いによって
開かれた異次元の扉から巻き込まれてやってきた少年。
オレンジの住む世界とはほんの少しだけ違う未来の

ジョウト地方からやってきたというやんちゃ坊主。
4人の中ではバトルの実力はまだまだだが
テクニカルな動きで相手を翻弄する。

マザービーストの一匹「HEXAD」とミュウツーの戦いによって開かれた
異次元の扉から巻き込まれてやってきた少年。
オレンジの住む世界とはほんの少しだけ違う
未来のシンオウ地方からやってきたという頭脳明晰な少年。
4人の中では最も年上で頭がまわり、ブレイン的な役回りを担うが
少々落ち込みやすく感情の起伏が激しい。

カントーチャンピオン。
ユーレカと同じ100年に一度生まれると言われる
トキワの大樹から命を授かった片割れの子。
ユーレカの不調に伴いハクリュウもコンディションを崩していた。
物語中盤、親ともいえるトキワの森の異変を感じ取り駆け付けるが
ミュウツーとアトム団ボスに居合わせた際に洗脳されてしまう。
洗脳が解かれた後もコンディションは回復しなかったため
戦闘には参加できず、片割れユーレカを生かすために気の供給を続けていた。

オレンジの義理の妹。
100年に一度生まれると言われる、トキワの大樹から命を授かった片割れの子。

生まれつき身体が弱く、眠りが深い。
ハクリュウとは同じ大樹から生まれた魂の双子というべき存在。

第1回マザーズリーグの際、「HEXAD」による
森の大規模生命エネルギー枯渇・摂取の影響で
数か月間程眠りから覚めなくなってしまった。
実は「HEXAD」とトキワの森で邂逅しており、弱っていた彼に
自分の気を与え続けていたことで、「HEXAD」の依り代、生贄といえるべき存在になってしまっていた。

ハクリュウからの気の供給で命を繋ぎ止めていたが
アトム団ボスに誘拐されてしまう。
彼女ごと「HEXAD」の餌にされそうになっていたが、彼とユーレカの間に
生まれていた親愛によりそれは叶わなかった。
事態の収拾により眠りから目覚める。

第1回マザーズリーグ編のボス。ハクリュウを洗脳し、オレンジ達と対決させることで「マザーズリーグの開幕」を宣言する。
マザービーストを探している最中、トキワの森で「HEXAD」とミュウツーが
戦っているところを見つけ、アジトからミュウマザー融合研究用のエネルギーを放出したことによって
「マザーミュウツー」を誕生させる。

今ここではマザーミュウツーが「神」であり、
それを従える自分は「最も選ばれた神」だと自負する。
（一時的な実験だったため、マザーミュウツーは数時間しか保持することができず
未完成であったが、この実験結果により
真の目的である「ミュウマザー」誕生の大きな一歩となった）

マザービーストの一匹「HEXAD」とユーレカがリンクしていることを知っており
「HEXAD」が活性化すればユーレカの命が危うくなることも気付いていたが
マザーミュウツーを少しでも保持すること、パワーアップのために意図的に放置するどころか
誘拐し彼女ごと生贄にしようとした。

マサラタウンに住む14歳の少年。ポケモンが大好きで、どんなポケモンとも心を通じ合わせられる才能を持つが
ごくわずかなバトル経験しかない。
3年の時を経て目覚めたが、記憶を失いこれまでの冒険のことを覚えておらず
ましてやスペシャライズでもポケモントレーナーでもないと言う。

（「あの日ミュウと出会わず、最果ての欠片に選ばれず、そのまま時を過ごした」世界のオレンジ。
アトム団の研究の影響で宇宙のパズルが歪な組み合わせ方をした結果、「ミュウと出会いスペシャライズとなった」オレンジの世界と混ざり合ってしまった。
やがて友達であるマザービースト「TETRAD」と再会した際、この世界の「自分」の存在に困惑するも、自分は「ここにいるべき存在ではない」と自覚する。

例え過程が違うとしても、大切なもののために貫くと決めた「自分が守れるものを守りたい」という思いは
どう足掻いても変わらないと明言し、最終的に「向こう」にいるオレンジを呼び戻し、彼と意識を統合した。）

オレンジのライバルで、スペシャライズ。

11歳の頃オレンジ、カエデと共にマザービーストの事件を解決した後、彼らと戦うためポケモンリーグへ出場する約束をしたが
彼の3年間の失踪により前回のポケモンリーグには出場しなかった。
カントー地方で暴れまわるアトム団と対峙しながら、独自に動いている。

オレンジの幼馴染でライバル。スペシャライズ。
アウイ同様ポケモンリーグで二人と戦う約束のため精進していたが、オレンジの3年間の失踪のため前回のポケモンリーグに出場しなかった。
記憶を失ったオレンジに寄り添い、サポートを行う。

第1回マザーズリーグでオレンジの世界へやってきた、「ほんの少しズレた未来からやってきたホウエン地方のスペシャライズ」。
3年前にオレンジと共に決戦の光に巻き込まれ、ポケモン図鑑（最果ての欠片）に封印されてしまう。

第1回マザーズリーグでオレンジの世界へやってきた、「ほんの少しズレた未来からやってきたジョウト地方のスペシャライズ」。
3年前にオレンジと共に決戦の光に巻き込まれポケモン図鑑（最果ての欠片）に封印されてしまう。

第1回マザーズリーグでオレンジの世界へやってきた、「ほんの少しズレた未来からやってきたシンオウ地方のスペシャライズ」。
3年前にオレンジと共に決戦の光に巻き込まれポケモン図鑑（最果ての欠片）に封印されてしまう。

第1回マザーズリーグでMG-X02 HEXAD（ヘキサド）とミュウツーを利用し、マザーミュウツーを生み出した。
マザーミュウツーが分離された後、オレンジたち「スペシャライズ」と戦闘し、彼らを封印することに成功する。

HEXADを再び捕獲した後、再度開いた異次元の扉から現れた残りのマザービースト、ENNEAD（エニアド）、DYAD（ダイアド）、PENTAD（ペンタッド）を捕獲し、残り5匹を捕まえることを目指す。アトム団によるミュウマザー研究、マザービーストと永遠の遺伝子のエネルギーの影響により、3年の中で着実に世界──宇宙の正しくあるべき時空のパズルは歪み崩壊していった。

最終的にマザービーストを9匹捕獲し、ミュウと融合させ「ミュウマザー」を誕生させる。
彼を神、自身を「マザーズリーグチャンピオン」と称し、壊れかけている宇宙を全て消滅させようと試みるが、異次元より集いし「スペシャライズ」により阻止される。
オレンジの父レッドを異次元に放り込み、長年行方不明とさせていた張本人。

マサラタウンに住む11歳の少年。
平凡な日々を送っていたが、ある日幻のポケモン「ミュウ」、「最果ての欠片」と呼ばれる引力に引き寄せられる。
一匹の気難しいピカチュウに懐かれ、ポケモンと仲良くなる才能があることをきっかけに、オーキド博士からSPECIALポケモン図鑑を託される。
「スペシャライズ」としてカントー地方で起こっている現象の謎に迫っていく中で、自分にとっての夢を見つけていく。

オレンジの幼馴染。SPECIALポケモン図鑑を持つスペシャライズ。
長い間連絡を取っていなかったが、オレンジが「スペシャライズ」になったことを機にライバルとして競い合うことになる。
彼がオーキド博士に任命されたことを認めていない。

途中、相棒のラッタを失い、オレンジに初めて敗北することになる。

オレンジの幼馴染。ハナダシティに住んでいる、ジムリーダーの娘。
スペシャライズとなり、自分とは違う道を歩み始めたオレンジを応援している。

バトルは得意でないと公言しているが、昔はアウイにも勝ったことがある。
幼馴染からの言葉や変化を受けて、彼女もまたバトルに対する姿勢を見つめ直していく。
後に彼らを追ってスペシャライズとなる。

ボスの会社に所属している青年。
その正体はアトム団幹部の一人であり、今回は彼の監視のために潜入しているだけ。
道中オレンジやアウイと幾度と邂逅し、特にオレンジに興味関心を抱く。
最終的にオレンジ編で倒されたかと思われたが、その後第2回マザーズリーグで再登場。

オレンジたちと複数回邂逅する少女。
友好的で、4人目の仲間のように振る舞っているが、その正体はアトム団幹部の一人。
アウイをはじめとした3人に個人的な憎しみを抱いている。
最終的にオレンジ編で行方不明となったが、その後第2回マザーズリーグで再登場。

ボスの会社に所属している中年男性。
正体はアトム団幹部の一人だが、オレンジ編では始終ボスの手下の別人に化けており、素顔は出ない。
第2回マザーズリーグで再登場。

オレンジ編のボス。
最果ての欠片で凶暴化し、パワーアップしたポケモンを犯罪者へ密売することを生業とする裏会社の経営者。

元々はカントーの小さな研究者だったが、かつてポケモン図鑑の開発権限をオーキド博士に求めたが認められなかった。
さらに当時の研究データを押収されてしまい、研究者としては失脚してしまう。
逆恨みを抱いていたところに、宇宙生命体マザービーストの一匹、「MG-X01 TETRAD（テトラド）」と邂逅し
彼のとてつもないパワーに惹かれ、TETRADの力を使って密売業で生計を立てることを思いつく。

アトム団とも繋がっており、TETRADと最果ての欠片（永遠の遺伝子の欠片）を直々に貸す代わりに
オーキド博士が派遣している「スペシャライズ」を見つけ次第排除すること、他のマザービーストを見つけ捕獲することを命じられていた。

ルビーとサファイアの娘。幼い頃に両親が別居して以降ルビーのもとで育っている。
両親が本当は仲がいい事を知っているため、また暮らしてくれないかと切に願っている。

元々コーディネーターである父と元ジムリーダーである母のファンであり、ポケット・ユニバースで活躍中のミス・クリアに憧れている影響で
自身も舞台に立つべく、旅をしながらポケバースの世界で「戦うアイドル」をコンセプトにコンテスト、バトル両方のデビューを果たすことになる。
ポケモン自身のありのままの魅力を引き出す「歌」を伴うパフォーマンスが得意。

中盤でエメ、リアン両方と出会い、彼らに様々な影響を与えていく。
ルベルという弟がいる。

「突如として舞い降りたただ一つの光！使命を抱き、あらゆる星々に侵略を！戦う宇宙最強アイドルラピスちゃん！いざ、尋常に勝負！」

惑星ファウンスから来たと設定…主張する宇宙人アイドル。またの名をラピスのポケット・ユニバースでのアバター。
星々を回っており、降り立った星ではポケモンたちの強さと可愛さで侵略・支配していく美少女エイリアン。
曰くファウンスの王女であり、荒れ果てた故郷を（町おこしで）救うため星を回って勢力を強めようとしているらしい。

自分のポケモンたちはこの星のポケモンとはまたひと味違うのだそうだ。
ノリと勢いで考えたキッズ設定が尾を引いてここまで来てしまった。

ラピスが「ポケット・ユニバース」で出会う青年。
自身についての記憶がなく、「護神」の仕事をしていることだけ覚えている。

（「消えた竜神」の末裔の一人。カーネリアンの兄だが、一族の特殊な掟によるもので血は繋がっていない。
末裔として、「消えた竜神」の力を宿した宝珠の番人の役目を担い、2匹のポケモン（ラティアス、ラティオス）を携えていた。
「最果ての欠片」に選ばれてしまった弟を運命や役割から解放するために彼が宿した力を自分に移し、欠片が変異した宝石「エメラルド」、「赤いエメラルド」の2つを保管した。しかし、そこには2匹のマザービーストが生息していた。
レックウザを操り暴走したリアンを助けるため、保管していた2つの石とリアンから肩代わりした先述の力を使い、戦いを鎮静させた。
反動で深い眠りについてしまい、記憶を失う事になる。
以降、現実世界の彼は植物状態となり、次に目を覚ましたのは「ポケット・ユニバース」の空間だった。）

ラピスが現実世界で出会う少年。強さを求めホウエン地方を旅している。
ここ10年間で評判も地に落ちた流星の民の一族。

（「消えた竜神」の末裔の一人。幼い頃「最果ての欠片」に選ばれた影響で消えた竜神の力を宿してしまう。
その力は本人の知らぬ間に血の繋がらない兄、エメによって取り除かれた…と思われたが、実は「最果ての欠片」＝「赤いエメラルド」に潜んでいたマザービーストの一匹「MONADO」とその身を共有していた。
ある日、MONADOの力が発動してしまい、巻き込まれたレックウザを操り暴走してしまったが、エメにより鎮静化。
流星の里は被害に巻き込まれてしまい、「消えた竜神の意思を継ぐ者による復讐で、竜神様（レックウザ）に不敬を敷いた」と認識されて以降「呪いの子供」として扱われる。
辛いときにそばに居なかった（既に植物状態になっていた）エメを恨む気持ちから「MONADO」に影響され、周囲を破壊しようと働く、ラピス編のラストボス。）

デボンに務めている平社員の青年。元流星の民の女性と、ツワブキに代々仕える一家の男性の間に生まれた。
カロスへ旅立ったダイゴから会社のことを任されており、デボンがハイドにジャックされた際には従うフリをしてハイドの裏を探っていた。
優秀だが器用貧乏。自身よりも出世している妹を認めることが出来ず捻くれていたが
「ポケット・ユニバース」で出会ったラピスに感化され、忘れかけていた「ポケモンという存在の素晴らしさ」を思い出す。
デボン社員のコネを使ってラピスをはじめとした全員の立ち回りをサポートする。

ラピスのコンテストライバル。
トウカシティで初めて出会い、自分のことしか考えていないパフォーマンスを行うラピスに「コンテストはやめたほうがいい」と警告する。
競い合っていく内に彼女に心を開き、強大な敵に立ち向かう彼女に「普通の女の子なんだから、もうなにもしなくてもいい」と諭すまでになる。

フウとランを通じたルビーに誘われ、ホウエン地方の中で出た被害者の魂を送り出す「おくりびと」を担う。

ラピス編のボス。デボンコーポレーションの現代表。
ホウエン地方を蝕む宇宙の災害「最果ての欠片」への対抗策として、数十年前や神話を参考に、「エメラルド」を生み出し、リアルSNS「ポケット・ユニバース」に実装。
ホウエン地方を襲う危機から人々を救う「第2の現実」として「デルタビジョン」を立ち上げた。
このことから、ホウエン地方を救う医者・研究者としての評価が広まり、主に「ドクター」「先生」として呼ばれている。

実はデボン自体をジャックしており、「最果ての欠片」とマザービースト「TROIKA」を利用してホウエン地方を支配する算段を立てている。
過去「TOROIKA」と身を共有するエメを攫い、「MONADO」と身を共有するリアンを始末しようとして取り逃がしている。
兄弟を引き離したことにより、この時の被害を収めたのは自分であり、犯人はリアンだと狂信的な一部の流星の民に思い込ませ情報操作を行い。流星の長を追放した。

上記の出来事の最中エメに情を抱いてしまったことから、植物状態の彼を生き長らえさせるため開発途中だった「ポケット・ユニバース」を利用し、第2の現実として機能させようとする。
最終的にリアン（「MONADO」）によって先んじて倒されてしまう。